Всё довольно просто.
После сканирования пройдись по рисунку Levels или яркостью и контрастом, что бы все серые оттенки привести к чёрному.
Затем простой способ - создай новый слой под картинкой, залей любым цветом.
У слоя с контуром выставь Multiply. Создай под ним ещё один слой (будет всего три - фон, пустой новый и слой с контуром).
И расскрашивай на среднем слое.

При необходимости добавляя новые слои.
Совсем ровные контуры можно получить ещё до сканирования, обведя рисунок каппилярной каллиграфической ручкой.
Но в целом совет один - учись использовать возможности самой программы до расскрашивания комиксов и большинство вопросов отпадут сами собой. Изучи каждый инструмент и его свойства

Ну и посмотри в "Уроки" на этом самом форуме.
